实验中心实行学院领导下的主任负责制，负责实验教学的实施、实验中心建设、实验中心管理。设立教学指导委员会，教学指导委员会每年召开会议，指导中心日常管理与决策。

交通土建实验中心下设5个实验平台，30余个实验室。中心在人员、仪器设备、实验设施、教学安排等四个方面实行统一管理，从而为实现实验室资源共享、人员合理流动和实验全方位开放提供了组织保证。